1986年，图-154飞机成功首航北京，标志着新疆民航首飞出疆。1989年，图-154飞机执飞乌鲁木齐—阿拉木图国际航线，新疆民航自此飞出国门。图-154飞机自1985年引进至2001年全部退役，安全飞行16年，创下了连续79个月空中无停车的世界级安全记录，为新疆经济建设和民航事业发展立下了卓越功勋。

　　1992年，乘着邓小平同志南巡讲话的春风，新疆航空公司首开国内飞机“湿租”先河，从乌兹别克斯坦航空公司引进2架伊尔-86型飞机，次年又购进3架该型客机，新疆航从此拥有了属于自己的大型宽体客机。

　　伊尔-86客机主要承担着乌鲁木齐飞往北京、上海、广州等重点城市的航班任务，旅客运输量占到了新疆航空公司运输总量的三分之一以上，旺季期间更是达到40%左右。服役10年，伊尔-86客机安全飞行5.46万小时，运送旅客306万人次，在新疆民航发展历程中具有不同寻常的意义。

　　图154-M、伊尔86两款主力机型的引进，为新疆民航机队更新、新航线开辟、航线网络构建奠定了基础。全体干部员工发扬“能吃苦、肯奉献、敢打硬仗”的光荣传统，解放思想，攻坚克难，奋勇拼搏，使新疆航空公司实现了站起来的巨变。

　　渐入佳境：波音飞机成主力

　　上世纪90年代，随着国家改革开放的进一步深入，经济发展进入新的加速点，新疆民航也进入新的发展阶段。客货吞吐量不断增长，航线网络布局趋向合理，市场进入多元化竞争态势，新的发展形势对运力提出新要求。新疆航空公司审时度势、抓住历史机遇，引进先进的波音飞机替代原有的苏制飞机。

　　同年，新疆航从法国引进5架ATR-72型客机，奔忙于天山南北，承担起了支线航空的重任。

　　大展宏图：飞越天山，飞向世界

　　2001年，新疆航空公司与中国南方航空集团公司联合重组。新视野、新舞台、新空间、新机遇，给南航新疆分公司快速发展插上了翱翔蓝天的巨膀。2010年和2017年，南航集团两次与新疆维吾尔自治区签署战略合作协议，深化合作，全力推进乌鲁木齐国际航空枢纽建设。机队规模扩大，机型不断升级，标志着南航新疆分公司步入了发展快车道。

　　2003年，两架宽体客机波音777-200飞机进驻新疆，填补了伊尔86飞机退役留下的宽体机市场空白。2012年，南航新疆分公司正式执管波音777客机，承担起南航服务19省市援疆的干线运输任务。 2011年，南航新疆分公司引进第一架巴西产喷气式客机E190，取代5架在当年退役、安全运营14年的ATR-72支线客机，成为疆内航线的主力机型。